Chỉ sau hơn 5 tháng bay, hoạt động kinh doanh của hãng không diễn ra suôn sẻ như dự kiến ban đầu. Cuộc khủng hoảng toàn cầu năm 2009 đã làm ảnh hưởng đến thị trường nhiên liệu, kinh tế khó khăn khiến nhu cầu đi lại của hành khách bằng đường hàng không giảm mạnh. Ít nhất 32 hãng hàng không thế giới đã tuyên bố phá sản. Indochina Airlines cũng rơi vào tình trạng khó khăn.

Do lượng khách sụt giảm, hãng đã quyết định tạm ngưng khai thác các chuyến bay trong nhiều chặng bay và đến tháng 9 năm 2009, hãng chỉ còn khai thác duy nhất 1 chặng bay Thành phố Hồ Chí Minh-Hà Nội. Hãng quyết định trả một máy bay trong tổng số 2 chiếc của đội bay để tiết kiệm chi phí, đối phó với khủng hoảng. Tần suất bay của hãng theo đó cũng giảm đi một nửa[6]. Do chỉ còn 1 chiếc máy bay duy nhất, hãng đã tiến hành liên doanh với Vietnam Airlines để đề phòng trường hợp hủy chuyến bay.

Cũng trong tháng 9 năm 2009, do bị khó khăn về tài chính và nhận chỉ thị từ Cục hàng không dân dụng Việt Nam về việc phải báo cáo các điều khoản đảm bảo tài chính để có thể hoạt động trong năm 2010, các cổ đông của hãng đã đồng ý bơm vốn thêm 150 tỷ đồng cho hãng qua đó nâng tổng mức vốn của hãng lên 350 tỷ đồng để có thể trả nợ và tiếp tục bay. Tuy nhiên, việc tăng vốn chưa thành hiện thực, vì vậy vào ngày 30 tháng 10 năm 2009, hãng phải tuyên bố ngừng các chuyến bay. Chiếc máy bay duy nhất còn lại phải nằm lại, và đúng 1 năm sau ngày cất cánh đầu tiên, ngày 25 tháng 11 năm 2009, hãng đành phải trả lại máy bay và chính thức không còn máy bay nào.[7]